■このページでは、両立支援等助成金〔柔軟な働き方選択制度等支援コース〕の概要について解説しています。
◆この情報は令和７年１０月１日制度改定後の助成内容に基づきます。
◆この助成金制度については、原則、以下にあてはまる中小企業事業主のみが申請を行うことができます。
| 小売業（飲食業を含む） | 資本金又は出資額が ５千万円以下、または常時雇用する労働者数が ５０人以下の事業 |
|---|---|
| サービス業 | 資本金又は出資額が ５千万円以下、または常時雇用する労働者数が １００人以下の事業 |
| 卸売業 | 資本金又は出資額が １億円以下、または常時雇用する労働者数が １００人以下の事業 |
| その他 | 資本金又は出資額が ３億円以下、または常時雇用する労働者数が ３００人以下の事業 |
なお、上記いずれかの基準を満たす中小企業事業主であっても、労働関係法令に違反する等、別途定める不支給要件にあてはまる場合は申請することができませんのでご注意下さい。（詳細については以下の記事をご参照下さい）
柔軟な働き方選択制度等支援コースの全体像
この助成金は、３歳以降小学校就学前までの子を養育する労働者を対象として、育児をしながら柔軟に働ける制度を設けた事業主を助成するために設けられたコースです。
令和７年１０月１日より、このコースは以下２つの制度に再編改定されています。
■１
所定の「柔軟な働き方に関する制度」を３つ以上導入し、いずれか１つの制度に対して一定基準以上の利用者が生じた場合
✅３つ以上の制度を導入した場合：２０万円
✅４つ以上の制度を導入した場合：２５万円
の申請を１事業主あたり通算して５人まで行うことができます。
■２
新たに、子の看護等休暇制度を有給化した場合
✅３０万円
の申請を１事業主１回に限り行うことができます。
さらに加算措置として・・・
✅一定基準以上の制度利用期間延長措置を行った事業主に対し２０万円
✅所定要件にしたがい育児休業等に関する情報公表を行った事業主に対し２万円
が上記１・２いずれかの助成金申請時に加算されます。（１事業主１回に限る）
なお、この加算申請を単独で行うことはできません。
それでは、具体的な制度内容について見ていきましょう。
CLASSY. 2024年2月号に掲載されました。
企業実務2025年2月号に寄稿しました。
2025年4月「＠Living」の取材に協力しました。
2025年9月「読売新聞オンライン」の取材に協力しました。
制度を３つ以上導入した場合に支給される助成金
この助成金を申請するためには、まず以下 A～E ５つの「柔軟な働き方に関する制度等」の中から３つ以上の制度を導入し、就業規則等あるいは労働協約にあらかじめ、その内容を規定しておかなければなりません。
その上で、いずれか１つ以上の制度利用者が発生し、制度利用開始日から６か月以内に、一定の基準以上の利用実績が生じた場合に助成金を申請することができます。
✅３つ以上の制度を導入した場合：２０万円
✅４つ以上の制度を導入した場合：２５万円
の申請を１事業主あたり通算して５人まで行うことができます。
【ポイント】
以下A～Eの制度は、いずれも子が「３歳以降、小学校就学の始期に達するまでの間」利用できる制度として規定されていなければなりません。
なお、「３歳以降」の部分を定めず、小学校就学の始期（以降）に達するまでの子を養育する全ての労働者が利用できるよう規定しても構いません。
導入が求められる「柔軟な働き方に関する制度等」の内容
A.始業時刻等の変更（少なくとも以下いずれかの制度を導入）
・フレックスタイム制度（清算期間における総労働時間＝所定労働時間を短縮せずに利用できる制度）
・時差出勤制度（１日の所定労働時間を変更することなく始業、又は終業時刻を１時間以上繰上げ・繰下げできる制度）
B.テレワーク制度の導入（以下全てを満たすもの）
・１日の所定労働時間を変更せず利用できること
・週または月あたり所定労働日数の半数以上利用できること
・時間単位で利用でき、始業時刻から連続し、または終業時刻まで連続して利用できること
・自宅（事業主が認めた場合はサテライトオフィス）で実施できること
C.短時間勤務制度の導入
・１日の所定労働時間を平均１時間以上短縮し６時間とする措置の他、それ以外の勤務時間も選択できる制度
（週休日数を増やす制度も可）
D.保育施設の設置運営（または、これに準ずる便宜供与）
・１日の所定労働時間を変更することなく、ベビーシッターの手配、および費用負担の全部または一部の補助を受けられる制度
E.子の養育を容易にするための休暇制度（養育両立支援休暇制度）の導入（以下全てを満たすもの）
・年次有給休暇とは別に取得可能な有給の制度であること
・１年度あたり１０労働日以上に対して取得できること
・時間単位で勤務時間の途中にも利用（中抜け）できること
・１日の所定労働時間を変更することなく利用できること
・子の看護等休暇とは別に利用できること
上記３つ以上の制度導入に加えて、この助成金を申請するためには、以下の４つのステップ全てを踏まなければなりません。
助成金受給までの４つのステップ
この助成金を受給するためには、以下４つのステップを踏まなければなりません。
①「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」に基づく「柔軟な働き方に関する制度の利用」及び「利用後のキャリア形成を円滑にすること」について支援する方針の社内周知をまず行う
↓
②柔軟な働き方に関する制度利用者との面談を実施し、面談シートへ記録を行う（上司または人事労務担当者が面談）
↓
③上記面談結果を踏まえ「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」を作成する
↓
④「制度利用開始日」から６か月以内に、一定の基準以上の「柔軟な働き方に関する制度」利用実績が生じた場合に助成金を申請できる
上記①～③は、④の「制度利用開始日」の前日までに実施しておかなければなりません。
なお、「制度利用開始日」については、申請対象となる制度内容により、以下の通り違いがありますので注意が必要です。
制度利用開始日の基準
A.フレックスタイム制・時差出勤制度
C.短時間勤務制度
→利用申出期間の初日を「制度利用開始日」とします。
B.育児のためのテレワーク等
D.保育サービスの手配・費用補助制度
E.子の養育のための有給休暇
→育児に係る柔軟な働き方支援プランの策定後、最初に利用を開始した日を「制度利用開始日」とします。
支給要件を満たすためには、一定基準以上の利用実績が必要
制度利用開始日から６か月以内に、一定の基準以上の「柔軟な働き方に関する制度」利用実績が生じた場合、助成金を申請することができます。
この利用実績については、育児に係る柔軟な働き方支援プランに基づき、新たに規定した制度を利用した実績でなければなりません。
（柔軟な働き方支援プランと関係なく、もともと施行されていた社内制度を利用しただけの場合は助成対象となりません）
また、この利用実績は、（C.短時間勤務制度の利用を除き）３歳未満の子の養育のために利用した場合も申請対象となります。
ただし就業規則等や労働協約で、「柔軟な働き方に関する制度」が３歳未満の子を養育する労働者にも適用されるよう規定されていなければなりません。（C.短時間勤務制度の利用は、３歳以降、小学校就学前までの子を養育する場合のみ対象とします）
なお、今一度確認ですが・・・
以下の制度は、いずれも「養育する子が小学校就学の始期に達するまでの間」利用できるものでなければなりません。
注）
たとえば、現行の育児介護休業法による育児短時間勤務制度は「子が３歳に達するまでの間」利用できることとなっていますが、本助成金の支給要件を満たすためには、「子が小学校就学の始期に達するまでの間」利用できる制度として育児介護休業法を上回る規定となっていなければなりません。
利用実績については、制度利用開始日から６か月が経過するまでの期間において、以下のいずれか１つ以上の利用実績があれば支給要件を充足します。
ただし、繰り返しますが、柔軟な働き方支援プランと関係なく、もともと施行されていた社内制度を利用しただけの場合は助成対象となりませんのでご注意下さい。
【以下、厚生労働省「両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）支給申請の手引き（令和7年10月版）」より抜粋】
なお、裁量労働制や高度プロフェッショナル制、および労働基準法４１条（管理監督者等）が適用されている労働者の方を対象とする場合は、「保育サービスの手配・費用の補助制度」以外を申請することはできませんのでご注意下さい。
＜同一の子について複数の制度を利用した場合＞
同一労働者の同一の子について、上記の異なる複数の制度利用があった場合は、各制度利用実績の判定期間である６か月間が、各々重複していない場合に限り、複数の申請を行うことができます。（判定期間が重複している場合は、いずれか１つの制度利用分しか申請できません）
ただし、各々の制度利用ごとに、面談の実施（結果は面談シートに記録）と、「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」の作成がなされていなければなりません。
なお、上記①の「（ⅰ）フレックスタイム制度」と「（ⅱ）時差出勤制度」については、同一の子が両方の制度を利用し、それぞれ支給要件を満たした場合であっても、申請できる回数はいずれか１回のみとなります。
＜複数の子について同一の制度を利用した場合＞
✅
同一労働者の複数の子について、同一の制度利用があった場合は、各制度利用実績の判定期間である６か月間が、各々重複していない場合に限り、複数の子について申請を行うことができます。（判定期間が重複している場合は、いずれか１つの制度利用分しか申請できません）
ただし、各々の子ごとに支給要件を満たしており、面談の実施（結果は面談シートに記録）と、「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」の作成がなされていなければなりません。
✅
また、同一労働者の複数の子について、同一の制度利用があった場合は、複数の子の制度利用実績を合算して申請基準を満たしているか判定することもできます。
この場合、助成金支給対象となる制度利用者数は１人としてカウントされることとなります。
なお、上記①の「（ⅰ）フレックスタイム制度」と「（ⅱ）時差出勤制度」については、複数の子の制度利用実績を合算した結果、両方の制度について、それぞれ支給要件を満たした場合であっても、申請できるのはいずれか一方のみとなります。
申請期限は制度利用開始日から６か月間が経過した日の翌日から２か月以内
以上を、網羅した上で・・・
✅
申請対象者が、制度利用期間中、および支給申請日において雇用保険被保険者であること。
✅
制度利用の判定期間である６か月の間に雇用形態や給与形態の不合理な変更が行われていないこと。
✅
最新の育児休業制度（出生時育児休業を含む）および育児短時間勤務制度が就業規則等に規定されており、規定どおりに運用されていること。
（法を上回る措置を行っている場合は、当該措置の内容についても規定されていなければなりません）
✅
次世代育成支援対策推進法に基づく一般事業主行動計画を策定し、所轄労働局あてに届出済であること。
（プラチナくるみん認定を受けている事業主は不要です）
の全てをクリアしている場合に、この制度について申請をすることができます。
申請期限は、制度利用期開始日から６か月間が経過した日の翌日から２か月以内となります。
（制度によって利用開始日の基準が異なりますのでご注意下さい）
【制度利用開始日の基準】
A.フレックスタイム制・時差出勤制度
C.短時間勤務制度
→利用申出期間の初日を「制度利用開始日」とします。
B.育児のためのテレワーク等
D.保育サービスの手配・費用補助制度
E.子の養育のための有給休暇
→育児に係る柔軟な働き方支援プランの策定後、最初に利用を開始した日を「制度利用開始日」とします。
申請先は、本社等（＊）の所在地にある労働局 雇用環境・均等部（室）となります。
（＊）人事労務管理の本社機能を有する事業所を指します
子の看護等休暇制度を有給化した場合の助成金
この助成金を申請するためには、令和７年１０月１日以降に、子の看護等休暇制度を新たに有給化し、就業規則等あるいは労働協約にその内容を規定していなければなりません。
その上で、新たに有給化した子の看護等休暇制度を利用することができる対象労働者（雇用保険被保険者に限る）が１名以上在籍している場合、助成金の申請を行うことができます。
✅３０万円
の申請を１事業主１回に限り行うことができます。
【ポイント】
✅
この制度は、実際に利用者が生じていなくても、利用対象となる労働者（雇用保険被保険者に限る）が在籍していれば申請することができます。
✅
この制度は、３つ以上の制度を導入した場合に支給される助成金とは異なり、申請前に以下を行う必要はありません。
・柔軟な働き方に関する制度等を支援する方針の社内周知
・制度利用者との面談実施と面談シートへの記録
・育児に係る柔軟な働き方支援プランの作成
就業規則等に規定していなければならない内容
就業規則等あるいは労働協約には、子の看護等休暇について、以下全ての内容が規定されていなければなりません。
① 年次有給休暇と同等の賃金が支払われる休暇制度であること
② １年度あたり１０労働日以上に対して取得できる制度であること
③ 時間単位で利用でき、かつ、労働時間の途中に中抜けして取得できる制度であること
④ 所定労働時間を変更することなく取得できる制度であること
⑤ 年次有給休暇制度とは別に取得できる制度であること
また、就業規則等には、上記、子の看護等休暇の規定に加え・・・
✅
育児休業制度（出生時育児休業制度を含む）及び 育児のための短時間勤務制度 に係る手続きや賃金の取扱い等
についても規定されており、その制度が当該規定の範囲内で運用されていなければなりません。
ちなみに、常時雇用者数１０名未満で労働基準監督署へ就業規則を届出していない事業主がこの助成金を申請する場合は・・・
✅
子の看護等休暇制度を新たに有給化した際の就業規則等が、メール・回覧等により社内周知されており、その際の送信日時や回覧開始日が確認できる書面等のエビデンスを提出しなければなりません。
社内掲示板等への掲示により周知しただけでは支給要件を満たしたことにはなりませんので注意が必要です。
申請期限は有給化について規定した日の翌日から２か月以内
以上を、網羅した上で・・・
✅
次世代育成支援対策推進法に基づく一般事業主行動計画を策定し、所轄労働局あてに届出済であること。
（プラチナくるみん認定を受けている事業主は不要です）
の要件を満たしている場合、この制度について申請をすることができます。
申請期限は、子の看護等休暇を有給化した際の規定日翌日から２か月以内となります。
申請先は、本社等（＊）の所在地にある労働局 雇用環境・均等部（室）となります。
（＊）人事労務管理の本社機能を有する事業所を指します
制度利用期間延長措置を行った場合の加算について
以下のとおり、制度利用期間の延長措置を行った場合には・・・
該当する助成金申請時に、更に２０万円の加算申請
を行うことができます。
✅
３つ以上の制度を導入した場合の助成金を申請する事業主が、その導入した柔軟な働き方選択制度の全てについて、中学校修了前の子を養育する労働者にまで制度利用期間を延長した場合
✅
子の看護等休暇有給化支援の助成金を申請する事業主が、新たに規定した有給の子の看護等休暇について、中学校修了前の子を養育する労働者にまで制度利用期間を延長した場合
なお、この加算を申請できるのは１事業主１回に限られています。
育児休業等に関する情報公表加算について
なお、申請の際に必要となる各種書面や添付エビデンス等については、以下 厚生労働省ホームページをご参照いただきますようお願い致します。
CLASSY. 2024年2月号に掲載されました。
企業実務2025年2月号に寄稿しました。
2025年4月「＠Living」の取材に協力しました。
2025年9月「読売新聞オンライン」の取材に協力しました。
